Wer sich sich die beiden Frameworks genauer anschaut stellt sich recht schnell die Frage, wieso braucht man beides...

Auf der Technical Summit in Berlin mit einem gleichnamigen Vortrag bekam ich die Antwort dazu:
Die beiden Entwicklerteams haben nichts von einander gewußt und es wurde doppelt entwickelt. (siehe auch)

Im Detail wurden zwar auch die Vor- und Nachteile der einzelnen Umsetzungen im Detail erklärt, um abschließend kund zu tun, dass Linq-To-Sql zwar weiter "weiter unterstützt" wird, aber das Team bereits nicht mehr existiert.
Eine weitere Entwicklung findet sozusagen nicht mehr statt.

Das Entity Framework dagegen hat zwar im Moment noch nicht ganz so viele Features, was sich allerdings mit .NET 4.0 ändern wird.

Wer sich also gerade entscheiden muß: Entity Framework ist die Lösung.
Für Umsteiger wurde kurz demonstriert, dass man gößtenteils durch search&replace den Code anpassen kann.

EDIT: Der Vortrag war übrigens von Holger Schwichtenberg der schon im August bei heise.de über die Unterschiede geschriebenen.

PDF mit den Unterschieden im Einzeln

EDIT 5.12.2008:
Nach dem Kommentar von Alex habe ich noch etwas weiter geforscht....
Hier ist das "Vote of no confidence" welches seit Juni von über 600 Entwickelern, MVPs usw. unterzeichnet wurde.

So wie ch das verstehe, gibt es aber zumindest von MS keine wirkliche allternative, wenn man auch in der Zukunft auf Weiterentwicklungen hoffen will.

Hier noch einmal ein etwas ausführlicheres Statement von H. Schwichtenberg zum Thema.