Mit folgendem Code kann man den in den Appsettings eingetragenen ConnectionString zur Laufzeit zu ändern:
My.MySettings.Default.Item (connectionName) = connectionString

Wenn der Connectionstring in der App.config gespeichert werden soll, hilft folgende Funktion:

Sub saveConnectionString(ByVal connectionName As String, _

ByVal connectionString As String)

Dim Config As Configuration
Dim Section As ConnectionStringsSection
Dim Setting As ConnectionStringSettings
Dim ConnectionFullName As String

ConnectionFullName = String.Format("{0}.My.MySettings.{1}", _
System.Reflection.Assembly.GetExecutingAssembly.GetName.Name, _
connectionName)

Config = ConfigurationManager.OpenExeConfiguration(ConfigurationUserLevel.None)
Section = CType(Config.GetSection("connectionStrings"), ConnectionStringsSection)
Setting = Section.ConnectionStrings(ConnectionFullName)

If IsNothing(Setting) Then Throw New Exception("Connection mit dem Namen " & _
connectionName & " nicht gefunden.")

Setting.ConnectionString = connectionString
Config.Save(ConfigurationSaveMode.Full)

'Hier wird der Connectionstring für die aktuelle Laufzeit geändert
My.MySettings.Default.Item(connectionName) = connectionString

End Sub